生物的遗传是通过基因传递信息来完成的，基因是遗传的物质基础，通过精子和卵子传给后代，从而父母的性状特点在子代得以表达。每个人大约有5万以上的基因，这些基因一半来自父亲，另一半来自母亲，就是说，每个子女与父母之间的基因有1/2可能相同，所以，同胞兄弟姐妹之间的基因也有1/2可能相同。而爷孙、叔侄、舅甥等之间则有1/4可能相同。同理，表兄妹、堂兄妹等之间则有1/8可能相同。某些遗传性疾病，致病基因是隐性的，如双亲中一方带有这种基因，而另一方不带，则可使致病基因被掩盖，所以后代不发病。只有当夫妇双方都携带这种隐性基因，且相会时，后代才明显发病。非近亲婚配时，两个相同致病基因互相遇合而引起发病的可能性较低，约为1/2500-1/250000。而近亲结婚的夫妇，由于他们来自同一祖先，双方携带有相同基因的可能性明显大于一般群体。以白化病为例，这种病的特征是皮肤、毛发全为白色。一般群体中携带这种致病基因的频率为1/50，如果非近亲结婚，则子代中发病的机会为1/50×1/50×1/4＝1/10000,假如是表兄妹之间的近亲结婚，则子代中发病的机会为1/50×1/8×1/4＝1/1600,要比非近亲结婚高6倍多。 　除此之外，近亲婚配的风险还表现在后代婴儿死亡率增高，非近亲所生者死亡率为24‰，近亲所生者死亡率为81‰。还有人报道，近亲结婚的子女在20岁前死亡者达13.9%，而非近亲结婚仅为1.7%。这些差别是相当悬殊和不容忽视的。